Uno dei principali limiti dell'ecografia è l' incapacità di riconoscere, in linguaggio medico "caratterizzare", le lesioni focali che, pure, essa identifica, oggi con sempre maggiore risoluzione ed efficacia.
In alcuni casi le lesioni identificate con l'ecografia standard hanno caratteristiche che permettono di discriminarne la natura con elevata accuratezza. Le cisti ad esempio sono lesioni a contenuto liquido facilmente discernibili e caratterizzabili senza ulteriori step diagnostici cosiccome, ad esempio, le macrocalcificazioni o gli stessi calcoli, formazioni nettamente differenti per caratteristiche ecografiche da lesioni di altra natura. D'altro canto molte lesioni focali hanno caratteristiche ecografiche sovrapponibili e spesso discriminarne la natura sulla base della loro presentazione ecografica è arduo, se non impossibile.
A maggior ragione questo limite di caratterizzazione diviene determinante quando vi è il sospetto o la possibilità che il paziente presenti una lesione neoplastica.